لا يعرف العلماء حتى الآن السبب الرئيسي وراء التهاب القولون التقرحي، لكنهم يعتقدون أنه قد يكون ناتجا عن رد فعل مناعي خاطئ، كما قد تؤدي بعض الأطعمة إلى تهييج هذه الحالة.