حدد قانون التأمين الصحى الاجتماعى الشامل، مصادر تمويل الهيئة العامة للاعتماد والرقابة الصحية، ونصت المادة 46 من القانون، على أن تتكون موارد هيئة الاعتماد والرقابة من المصادر الآتية:

1 ـ مقابل الخدمات التى تقدمها هيئة الاعتماد والرقابة الصحية وفقا لما يقره مجلس إدارتها.

2 ـ القروض التى تعقدها الدولة لصالح هيئة الاعتماد والرقابة.

3 ـ عائد استثمار أموال هيئة الاعتماد والرقابة.

4 ـ ما تخصصه الدولة لهيئة الاعتماد والرقابة من أموال وأصول.

5 ـ أية ايرادات أخرى يقرها مجلس ادارتها تتعلق بنشاط هيئة الاعتماد والرقابة.

6 ـ المنح التى يوافق عليها مجلس الإدارة.

وينص القانون على تنشأ هيئة عامة خدمية تسمى "الهيئة العامة للاعتماد والرقابة الصحية" تكون لها شخصية اعتبارية وموازنة مستقلة، وتكون تحت الإشراف العام لرئيس الجمهورية، ويكون مقرها الرئيسى بالقاهرة ويجوز أن تنشئ فروعا لها بجميع محافظات الجمهورية، ويصدر بنظام العمل بها قرارا من رئيس الجمهورية".

وتهدف هيئة الاعتماد والرقابة إلى ضمان جودة الخدمات الصحية والتحسين المستمر لها وتوكيد الثقة فى جودة مخرجات الخدمات الصحية بمصر على جميع المستويات المحلية والإقليمية والدولية وضبط وتنظيم تقديم الخدمات الصحية التأمينية وفقا لمعايير محددة للجودة والاعتماد، على النحو الذى تبينه اللائحة التنفيذية لهذا القانون، وتنظيم القطاع الصحى بما يضمن سلامته واستقراره وتنميته وتحسين جودته والعمل على توازن حقوق المتعاملين فيه.