حدد قانون إدارة المخلفات الصادر برقم 202 لسنة 2020 مدة أربع سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة وذلك للرئيس التنفيذي لجهاز إدارة المخلفات على أن يصدر بتعيينه قرار من رئيس مجلس الوزراء ، ويرشحه الوزير المختص لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد لمدة واحدة مماثلة ، ويحدد القرار معاملته المـالية ، ويكون مسئولاً عن تنفيذ السياسة العامة للجهاز ، كما يكون مسئولاً أمام مجلس الإدارة عن سير أعمال الجهاز فنيا وإداريا وماليًا.

ويكون لمجلس إدارة جهاز المخلفات أمانة فنية ، يصدر بتشكيلها وتحديد اختصاصاتها ونظام عملها قرار من الرئيس التنفيذي للجهاز .

ويتولى رئاسة الأمانة الفنية أحد العاملين من شاغلي وظائف الإدارة العليا بالجهاز يختاره الرئيس التنفيذي للجهاز ، ويحضر رئيس الأمانة الفنية اجتماعات مجلس الإدارة دون أن يكون له حق التصويت .