تمثل طريقة ملء سد النهضة الإثيوبي الخلاف الأبرز بين الدول الثلاث مصر والسودان وإثيوبيا التي يبدو أنها ماضية في خطتها لملء بحيرة السد، رغم عدم التوصل إلى اتفاق نهائي بين القاهرة والخرطوم وأديس أبابا.